Zowel het Markermeer als het IJsselmeer zijn geschikt om zand te winnen ten behoeve van de industrie in de vorm van beton- en metselzand. Rijkswaterstaat verleent daarvoor de vergunningen. De IJsselmeervereniging heeft meestal geen bezwaren tegen de zandwinning als die zandwinning plaatsvind door het op diepte brengen of houden van bestaande vaargeulen. Echter, grote projecten voor het winnen van zand met diepe putten tot wel 30 m worden bestreden.
Rijkswaterstaat heeft een vergunning gegeven aan Van Oord voor een grote zandwinning in het Markermeer voor de kust van Noord-Holland, zonder dat de gevolgen voor de natuur goed beoordeeld zijn. De IJsselmeervereniging bekijkt of hier alsnog wat tegen te doen is.
Door Smals zijn er al tientallen jaren plannen gemaakt voor een grote zandwinning voor de kust van Gaasterland in het IJsselmeer. Die plannen gaan uit van een eiland in het IJsselmeer, waarop het gewonnen zand verwerkt zal worden. De lobby samen met onder andere bewoners van Gaasterland en andere natuurorganisaties, zoals Natuurmonumenten, Vogelbescherming en It Fryske Gea, heeft er voor gezorgd, dat de gemeenteraad van De Fryske Marren begin 2019 dit plan heeft afgekeurd. De zandwinner is daarop in beroep gegaan bij de Raad van State tegen dit besluit van de gemeente. De bewoners van Gaasterland en de natuurorganisaties steunen de gemeente in dit beroep om te voorkomen dat Smals alsnog zijn zin krijgt.
