Sinds de afsluiting van de Zuiderzee door de Afsluitdijk in 1933, ook wel de grootste natuurramp voor het gebied genoemd, en de daaraanvolgende inpolderingen heeft de natuur in het gebied zich omgevormd van een estuarium, met overgangen van zout naar zoet water tot grote uitsluitend zoete meren. Meren waarvan het zoete water de belangrijkste is bron voor de zoetwatervoorziening voor heel noord Nederland.
Het IJsselmeergebied is een heel belangrijk gebied geworden voor watervogels, waaronder eenden, als vooral rust- en foerageergebied. Net als in de rest van Nederland gaat ook de natuur in het IJsselmeergebied de laatste decennia achteruit. Vooral in het Markermeer, met relatief veel slib dat nergens heen kan, is de natuur niet toekomstbestendig. In grote delen van het IJsselmeer en Markermeer is de driehoeksmossel verdreven door de guaggamossel, een exoot. Die guaggamossel is moeilijker open te breken en is minder voedselrijk, waardoor mossel-etende vogels achteruit gaan in het gebied.
