Rijkswaterstaat beheert het natte deel van het IJsselmeergebied inclusief de twee belangrijkste compartimenterende dijken (die eigenlijk dammen zijn), de Houtribdijk en de Afsluitdijk. Beide dijken worden versterkt. Door de Afsluitdijk is voor trekvissen de verbinding tussen de Waddenzee en het IJsselmeer grotendeels verbroken, een van de oorzaken van de slechte visstand in het IJsselmeergebied. En dat heeft weer nadelige effecten op visetende vogels, zoals de fuut. Op twee manieren wordt er gewerkt aan het verbeteren van de mogelijkheden voor de migratie van trekvissen. Door verbeteringen in het spui-regiem van de spui-sluizen bij Kornwerderzand en Den Oever. Maar vooral ook door de aanleg van de vismigratierivier in de Afsluitdijk, een initiatief van de natuurorganisaties.
De overige dijken tussen het water en het land zijn in beheer bij de waterschappen. Dijken moeten in Nederland voldoen aan strenge normen, zodat de kans op bezwijken van zo’n dijk klein genoeg is.
Het waterschap van het noordelijke deel van Noord-Holland, het Hoogheemraadschap Hollands Noorderkwartier is bezig met een dijkversterking van de historische Markermeerdijk tussen Amsterdam en Hoorn. In 2019 is het projectplan voor die versterking goedgekeurd door de provincie Noord-Holland. Daarop zijn omwonenden en de IJsselmeervereniging in beroep gegaan tegen dit plan bij de Raad van State, omdat wijze van versterking van deze dijk de historische dijk te veel aantast en te veel nadelen heeft voor de natuur.
Door de extra zeespiegelstijging als gevolg van klimaatverandering zal het in de toekomst steeds moeilijker worden om het water dat onder meer via de IJssel in het IJsselmeer komt tijdig te kunnen spuien. Daarom zullen er in de toekomst op de Afsluitdijk pompen moeten worden geplaatst om te voorkomen dat de waterstand in het IJsselmeer te hoog wordt.
Nationaal Water Programma
Op grond van onder andere de Europese Kader Richtlijn Water moet er iedere zes jaar een nationaal programma (terminologie Omgevingswet) worden vastgesteld voor het water. In 2020 wordt het plan ontwikkeld voor de periode 2022-2027, waarop in het eerste halfjaar van 2021 een zienswijze kan worden ingediend. Dit plan is voor de toekomst van de natte delen van het IJsselmeergebied van groot belang. De IJsselmeervereniging participeert in de voorbereiding en zal zeker in 2021 een zienswijze indienen.