Het grootste deel van het IJsselmeergebied is aangewezen als Natura 2000-gebied. Met uitzondering van een deel van het IJmeer, delen van de Randmeren en enkele gebieden bij havens is het hele IJsselmeergebied aangewezen als Vogelrichtlijngebied. De Gouwzee, het Zwarte Meer, de Veluwerandmeren en verschillende kuststroken, zoals bij Fryslân, zijn ook aangewezen als Habitatrichtlijngebied.
Voor ieder Natura 2000-gebied moet een beheerplan worden opgesteld. Voor het IJsselmeergebied zijn de beheerplannen vastgesteld in 2018 (https://www.rwsnatura2000.nl/Gebieden/IJsselmeergebied/default.aspx) en gelden tot en met 2023. De IJsselmeervereniging heeft, toen nog in Blauwe Hartverband, actief deelgenomen aan het tot stand komen van deze beheerplannen.
Naar verwachting zal het traject voor de volgende beheerplannen van start gaan in 2021. De IJsselmeervereniging zal daar actief in participeren.
De IJsselmeervereniging ijvert al jaren voor een open Houtribdijk zodat de natuurlijke verbinding tussen het Markermeer en het IJsselmeer enigszins wordt hersteld.
