Het IJsselmeergebied is niet alleen een groot gebied, maar het is bestuurlijk ook een lappendeken met bemoeienis van verschillende ministeries, vijf provincies, zeven waterschappen en een groot, maar door gemeentelijke herindelingen steeds kleiner, aantal gemeenten. De ministeries die zich met het IJsselmeergebied bezig houden zijn vooral Infrastructuur en Waterstaat (IenW), met Rijkswaterstaat als waterbeheerder, en Landbouw, Natuur en voedselkwaliteit (LNV). Van de vijf provincies zijn Noord-Holland, Flevoland en Fryslân het meest betrokken.
Agenda 2050
Die bestuurlijke spaghetti vraagt om coördinatie en samenwerking. Ook met andere belangrijke partners in het IJsselmeergebied, zoals natuurorganisaties maar ook organisaties voor visserij en industrie. Daarvoor is in 2018 na een lange periode van voorbereiding de Agenda IJsselmeergebied 2050 vastgesteld https://www.agendaijsselmeergebied2050.nl.
De IJsselmeervereniging is partner bij deze agenda en neemt daar actief aan deel om de doelstellingen van een natuurlijk IJsselmeergebied met een open landschap te bereiken. Het al langer bestaande Regionaal Overlegorgaan IJsselmeergebied (ROIJ), waarin diverse maatschappelijke organisaties, zoals de IJsselmeervereniging, zijn vertegenwoordigd, heeft zich omgevormd tot een klankbordgroep bij de Agenda 2050.