Al in 2014 heeft de Rijksoverheid de Structuurvisie Wind op Land vastgesteld, met daarin de opdracht om op ‘land’ 6000 MW aan windenergie te realiseren. Samen met andere natuurorganisaties heeft de IJsselmeervereniging toen al aangegeven, dat de Nederlandse grote wateren, zoals het IJsselmeergebied relatief zwaar belast worden met windenergie. Dat is in de praktijk ook zo gebleken, want in en rond het IJsselmeer zijn veel grote windparken gepland, zoals windpark Noordoostpolder, Wieringermeer, Fryslân. Volgens de IJsselmeervereniging en andere natuurorganisaties zijn deze windparken, zeker in hun onderlinge samenhang, te nadelig voor vogelsoorten in het gebied. Verzet, tot aan de Raad van State toe samen met andere natuurorganisaties tegen de verschillende grote windparken heeft niet mogen baten. Al deze windparken zijn goedgekeurd door de Raad van State en zijn of worden aangelegd.
Mede om die reden heeft de IJsselmeervereniging met de initiatiefnemers van het windpark Blauw, een windpark in de noordwesthoek van Flevoland met onder andere twee rijen molens in het IJsselmeer tussen Lelystad en de Ketelbrug, een overeenkomst gesloten om uitgebreid onderzoek te doen naar de gevolgen van windparken in het IJsselmeergebied voor vogels.
Ook het verzet samen met de Waddenvereniging tegen windpark NijHiddum Houw, negen hoge molens bij de kop van de Afsluitdijk in Fryslân, heeft geen effect gehad. In januari 2020 heeft de Raad van State het beroep hiertegen afgewezen.
Plannen voor windparken langs de Houtribdijk en langs de Afsluitdijk zijn, mede dankzij lobbyactiviteiten van de IJsselmeervereniging tot nu toe niet doorgegaan. De grote hoeveelheid windparken in en rond het IJsselmeergebied betekenen volgens de IJsselmeervereniging, dat er geen ruimte is voor nog meer windenergie in dit gebied.
