Omdat het met de natuur in alle Nederlandse grote wateren (IJsselmeergebied, Waddenzee, Deltawateren) niet goed gaat hebben de ministers van IenW en LNV in 2019 de PAGW opgesteld. Voor het IJsselmeergebied staan in de PAGW vooral plannen om de harde overgang tussen land en water te verzachten door de aanleg van vooroevers. Bijvoorbeeld in de Wieringerhoek, het gebied tussen Enkhuizen en Den Oever. Maar ook voor de kust van Fryslân. De IJsselmeervereniging is daar bij betrokken en wil vooral voorkomen, dat deze projecten leiden tot nog meer eilanden.
Ook de volgende fase van de Marker Wadden is in de PAGW opgenomen.
De verbetering aan de Friese kust is ook noodzakelijk, omdat het peil van het IJsselmeer vanwege de zoetwatervoorraad in het voorjaar 20 cm hoger mag zijn. Dat is nadelig voor vooral broedvogels in de waarden voor de Friese kust, omdat nestlocaties hierdoor vaker zullen overstromen.
